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Modele de talus fleuri

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Toutes les analyses statistiques ont été effectuées à l`aide de R (R développement Core Team, 2010). E001, le génotype de l`altitude la plus basse, fleurit régulièrement tardivement en comparaison avec tous les autres génotypes (supplément Fig. S1A) et a également exprimé des gènes différemment par rapport à d`autres génotypes (supplément Fig. S1B). Ce génotype provient d`une zone géographiquement très distincte (au nord des Alpes par rapport aux vallées alpines centrales); ainsi, les conditions climatiques de l`habitat diffèrent fortement par rapport aux autres génotypes des basses terres (tableau supplémentaire S10). En outre, ce génotype a été recueilli à proximité immédiate d`une rivière Alpine, ce qui peut indiquer que les graines ont été délavées à partir d`une altitude plus élevée. Ainsi, nous avons décidé d`exclure ce génotype de la plupart des analyses. De même, le E003, un autre génotype des basses terres, a montré une floraison fortement retardée et une expression génique différente après 3 semaines de vernalisation par rapport à d`autres génotypes (supplément Fig. S1). Bien qu`après 6 et 12 semaines de vernalisation, le temps de floraison et l`expression génique étaient semblables à ceux d`autres génotypes, nous avons décidé d`exclure le E003 en fonction de l`habitat où il a été recueilli à l`origine: semblable à E001, E003 a également été recueilli dans une vallée fluviale. En outre, l`habitat était orienté vers le nord; ainsi, le rayonnement solaire (tableau supplémentaire S10), la couverture neigeuse, l`humidité et les conditions de température étaient susceptibles d`être différents de tous les autres sites. En outre, la proximité d`une rivière Alpine pourrait à nouveau poser des problèmes pour évaluer l`adaptation à l`altitude.

La plupart des analyses ont donc été calculées en utilisant les 13 génotypes restants. Le modèle susmentionné (équation 3) a fourni la base pour prédire la TF pour chaque RIL. Cependant, afin de construire le modèle prédictif, le terme de site «SJ» a été divisé en variables environnementales mesurables informatives. Ces variables ont été estimées avoir une influence sur le temps de floraison sur un site donné, à la fois directement et/ou par leur interaction avec QTL spécifique. Pour identifier des variables environnementales significatives, nous avons choisi ceux qui sont connus pour avoir un effet sur le TF dans Arabidopsis (Somers et al. 1998; Devlin et Kay 2000; Suárez-López et al. 2001; Thomas et coll. 2006; Lee et coll. 2007; Strasser et al. 2009) et le riz (Kojima et al.

2002; Tamaki et al. 2007; Ishikawa et al. 2011; Itoh et coll.